古くは天台宗で厚木にありました。寛永年間（1624～1643）にこの地に移され、安貞元年（1227）宗祖親鸞の関東巡教の折、浄土真宗となりました。慶安2年（1649）三代将軍家光の時、十余石の朱印地となりました。
この寺は、都筑が丘、都筑が原と呼ばれた由緒の深い地域の一部にあり、昔は鶴が群れ遊んでいた寺であったと伝わっています。
また清来寺には「夏野の露」と云う巻物が伝えられています。この巻物は、十九代住職が、畠山重忠の武勇を讃えるため、近在の人々に呼び掛け歌の形にして集め編集したものです。
五千坪の境内には、ケヤキ、白モクレン、朴、茅、コウヤマキなどが茂り、特に本堂の裏山の椎の大樹は開山の頃からのもので、根元からは浄い水が湧き出て「椎の水」と云われています。

横浜市旭区今宿南町1895